Nonostante sia stata diagnosticata per la prima volta già nel 1690, la patogenesi dell'endometriosi, cioè i meccanismi mediante i quali s'instaura questa patologia sono poco chiari. Diverse teorie sono state proposte, ma nessuna di esse può essere valida per tutti i casi clinici. Queste teorie, infatti, cercano di spiegare come sia possibile che il tessuto di tipo endometriale venga a trovarsi in sedi anomale come, ad esempio, ovaie, collo dell'utero, intestino, vescica e, in qualche caso raro, anche al di fuori della zona pelvica (intestino, polmoni).
La teoria oggi maggiormente accreditata è quella della mestruazione retrograda, secondo la quale una piccola quota di sangue, durante il flusso mestruale, migra in senso inverso risalendo le tube, si impianta nell'addome sugli organi in esso presenti e lì vi cresce. Secondo alcuni esperti, la migrazione retrograda è presente in tutte le donne, ma solo nelle donne affette da endometriosi, probabilmente per un difetto immunitario e/o ormonale, permette al tessuto di radicarsi e di crescere sotto l'influsso degli estrogeni. Nel determinare questa patologia, si è scoperto che intervengono sia fattori di tipo genetico, sia di tipo ambientale.
I fattori genetici che sottostanno all'endometriosi sembrano legati ad una fragilità del sistema immunitario che non funzionerebbe in modo adeguatamente efficace. Si è osservato, infatti, che le donne che hanno familiari di primo grado (madre e/o sorelle) affette da endometriosi hanno più probabilità di contrarre la malattia. In ogni caso, si tratta di fattori predisponenti e non determinanti la malattia in modo necessario.
I fattori ambientali indicati come possibili corresponsabili nel causare la patologia sono gli inquinanti ambientali persistenti derivati dalle lavorazioni industriali e i derivati dei pesticidi (come, ad esempio, la diossina) che si comportano come estrogeni sulle cellule-bersaglio delle donne (mammella, utero, endometrio, ovaie, intestino, ecc...). Tali agenti esercitano in queste cellule una vera e propria azione di stimolo simile agli estrogeni, concorrendo a determinare alterazioni delle cellule sottoposte a queste stimolazioni.
L'endometriosi è una malattia da non sottovalutare poiché spesso peggiora col passare del tempo, soprattutto se non si tiene sotto controllo. Pertanto, se si sospetta di poterne essere affette bisogna chiedere al proprio medico d’indagare a fondo. E' importante, però, non scoraggiarsi quando si scopre di esserne affette in quanto (salvo nei casi più gravi), prendendo la pillola continuata, si può condurre una vita normale e, riguardo alla gravidanza, esistono molte donne che sono riuscite ad avere i loro bambini naturalmente e molte altre che ci sono riuscite grazie all'aiuto della scienza. Quindi, è importante non perdere le speranze.